校徽，是一所大学的象征。河南中医学院原校徽是在1998年建校40周年时由香港和澳门特别行政区区旗、区徽的设计者、原河南大学教授肖红设计并经院领导审定的，后在各种场合使用，得到了广大师生的认可。现校徽方案在原来的基础上略加改动，寓意说明如下：



1、校徽用套圆形徽标。圆形构图浑然一体，象征着学校师生凝聚、团结、融合及对美好未来的追求，展现学院师生向高水平教学研究型大学昂首迈进的信心与勇气。整体设计结构严谨，色彩和谐，富于表现力。



2、徽标中间由红白相间的“太极图”构成，象征古老的中医药生生不息、和谐永久地发展，同时也象征一轮喷薄而出的太阳，表示河南中医学院不断发展壮大，拥有灿烂辉煌的明天。



3、“太极图”下方是一株绿色植物，绿色象征着希望，也象征中医学院是一片培育中医药人才的沃土，其绿色植物托起的圆形图案象征中医药院校的育人硕果。



4、外环上方“河南中医学院”字样是郭沫若题写的校名。



5、下方的英文字母是2006年本科教学水平评估时学校确定的“HENAN UNIVERSITY OF CM” （河南中医药大学）的英文大写。而1998年校庆时确定的是“HENAN COLLEGE OF TCM” （河南中医学院）的英文大写。



6、“1958”标明学院建校时间。